ترور محسن فخری‎زاده، رییس «سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع» با واکنش گسترده نمایندگان مجلس شورای اسلامی روبرو شد؛ آن ها از ادامه مسیر پیشرفت و تعالی کشور سخن گفته و در عین حال وعده گرفتن انتقام خون این شهید را دادند تا جایی که رییس مجلس تاکید کرد که «انتقام گرفتن از آمران و عاملان این جنایت های بزرگ هزینۀ سنگین و غیرقابل بازگشت این ترورها را برای آنها مشخص خواهد کرد.»
به گزارش اقتصادسرآمد، بعد از اعلام رسمی ترور شهید فخری زاده، نمایندگان مجلس شورای اسلامی در صفحات شخصی خود در توییتر و یا ارسال پیام هایی به آن واکنش نشان دادند؛ در اولین واکنش محمدباقر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی در صفحه توییتر خود آیه ۲۲۷ سوره شعرا و 22 سوره سجده درباره انتقام را منتشر کرد. او همچنین با صدور پیام تسلیتی تاکید کرد که « دشمنان کوردل که از رویارویی و مصاف با صبر و مقاومت و ایستادگی و همچنین رشد و پیشرفت فرزندان این ملت در تمامی عرصه های تکنولوژیک، هسته‌ای و نظامی عاجز و ناتوان گشته‌اند به این گونه اقدامات ناجوانمردانه و خارج از چارچوب‌های انسانی و معیارهای بین‌المللی روی آورده‌اند که هیچ حاصلی برای آنها نخواهد داشت و صنایع ما در تمامی حوزه‌های نظامی، هسته‌ای، موشکی و غیره با سرعتی بیشتر از گذشته پیش خواهد رفت.»
رییس قوه مقننه خطاب به نهادهای امنیتی و اطلاعاتی گفت: «لازم است نهادهای امنیتی و اطلاعاتی نسبت به شناسایی، دستگیری و اشد مجازات عوامل این حادثه تروریستی اقدامات لازم را به انجام رسانند. امروز راه مماشات بسته است و انتقام گرفتن از آمران و عاملان این جنایت های بزرگ است که هزینۀ سنگین و غیرقابل بازگشت این ترورها را برای آنها مشخص خواهد کرد.»حسین امیرعبداللهیان دستیار ویژه رئیس مجلس در امور بین الملل نیز این طور واکنش نشان داد: «ترور دانشمند ایرانی دکتر محسن فخری‌زاده که سهم مهمی در توسعه مرزهای دانش کشور داشت، نشانگر تلاش محور آمریکایی - صهیونیستی برای تداوم ضربه زدن به پیشرفت علم و فناوری در جمهوری اسلامی ایران است. دشمنان دست از توطئه بر نمی‌دارند. اعتماد به دشمن، خوش باوری است.»امیر حسین قاضی زاده هاشمی نایب رئیس اول مجلس نیز در پیامی با تاکید بر ضرورت شناسایی و محاکمه عوامل ترور محسن فخری‌زاده گفت: دشمنان قسم خورده ایران اسلامی باید بدانند و بارها تجربه هم کسب کرده باشند که با اقدامات تروریستی آنها مسئولان کشور در راه خدمت به کشور و مردم از هیچ تلاش و کوششی عقب نشینی نخواهند کرد و اینگونه اقدامات مذبوحانه و وقیحانه تروریستی نه تنها اراده ملت بزرگ ایران را ضعیف تر نمی کند بلکه اراده و تصمیم مردم و مسئولان را برای ادامه راه خود محکم تر خواهد کرد و قدم ها استوارتر می شود.علی نیکزاد نایب رئیس دوم مجلس گفت: « باز هم دشمنان قسم‌خورده ایران عزیز اسلامی که چشم دیدن عظمت و اقتدار ملت رشید ما را ندارند، در اوج ناجوانمردی و با اقدامی جنایت‌آمیز، یکی دیگر از دانشمندان این سرزمین را ترور و نیت پلید و خوی ددمنشانه‌شان را به جهانیان نمایاندند. امید است با عنایات الهی و همت جوانان کشورمان راه پرافتخار شهید فخری‌زاده و دیگر شهدای علمی با صلابت تمام، ادامه یابد.»
ابوالفضل عمویی سخنگوی کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس با هشتک " انتقام حق ماست" نوشت:« ترور دانشمندان هسته ای، برنامه اتمی ایران را به عقب نمی برد. دانش هسته ای در ایران بومی شده و در پاسخ به ترورها با اراده ملی، توسعه خواهد یافت.» سید علی آقازاده رییس کمیته دفاعی کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی خاطرنشان کرد: « تاریخ خود بهترین گواه‌ است، جمهوری اسلامی ‌ایران از این غلط دشمن به راحتی نخواهد گذشت. وقتی دشمن عاجز می‌شود از اراده و تخصص دانشمند ایرانی، چاره‌ای جز قساوت و جنایت ندارد.»
وحید جلال زاده دیگر عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس گفت: «دستِ ناپاک جریان نفوذ و ترور در حوادث اخیر امنیتی، حکایت از تلاش و برنامه ریزی برای ضربه به اقتدار کشور دارد؛ باید نشان دهیم دوران بزن و در رویی تمام شده است.»محمد حسن آصفری نماینده اراک نیز تصریح کرد: «آقایان ‎سران قوا با پیام تسلیت دادن مشکل جنایات تروریست ها در ایران حل نمی شود! تسلیت را مردم می گویند شما پاسخگو باشید مقصر این ناامنی ها کیست؟ پاسخ این ‎ترورها کِی داده خواهد شد؟‎ فخری زاده و ‎سلیمانی ها به آرزویشان که ‎شهادت بود رسیدند.» سارا فلاحی رییس کمیته هسته ای کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی نیز در پیامی شهادت رییس سازمان پژوهش و نوآوری را نشانه کینه و هراس دشمن از مقاومت و عظمت ملت ایران خواند و گفت: در شرایط کنونی مهم ترین خواسته مردم پاسخ قاطع به این کینه توزی های بزدلانه و انتقام است.حسین نوش آبادی رئیس فراکسیون دیپلماسی بین المللی و منافع ملی مجلس شورای اسلامی نیز در پیامی با بیان اینکه صهیونیست های خون آشام در واپسین روزهای عمر رئیس جمهور شکست خورده و ناکام آمریکا، درصدد تشدید فشار بر جمهوری اسلامی ایران هستند، گفت که انتقام سختی در انتظار آنان است و به زودی پاسخ کوبنده ای دریافت خواهند کرد.
همچنین حمیدرضا حاجی بابایی رئیس کمیسیون برنامه و بودجه در پیامی تاکید کرد که از همه ظرفیت های مجلس برای انتقام از آمران وعاملان این جنایت بزرگ استفاده می کنیم و تا مجازات عاملان ترور شهید دکتر محسن فخری زاده آرام نخواهیم گرفت.