معاون مالی گروه کشتیرانی جمهوری اسلامی در سال های 1394 تا 1398 برخی گردش های مالی مشکوک داشته تا این که مستند به گزارش های سازمان بازرسی کل کشور در سال 1398 ، پرونده سوء جریانات مالی معاون مالی وقت کشتیرانی طی شکایتی نزد دادسرای امور کارکنان دولت تشکیل شد.
به گزارش تین نیوز - بر اساس گزارش تحقیق و تفحص مجلس از شرکت سرمایه گذاری تامین اجتماعی (شستا)، معاون گروه کشتیرانی که از شرکت های زیر مجموعه شستا است، در سال های 1394 تا 1398 ؛ حدود 16 میلیون دلار اختلاس کرده است.
به گزارش تین نیوز، پیرو مصوبه مورخ 7 تیر 1401 مجلس شورای اسلامی در خصوص ضرورت انجام تحقیق و تفحص از شرکت سرمایه گذاری تامین اجتماعی (شستا) با محوریت بررسی وضعیت مدیریت اقتصادی، مالی، اداری و حقوقی شرکت، طی بازه زمانی 1392 تا 1399 ، هیئت تحقیق و تفحص از شستا در اجرای ماده 212 قانون آیین نامه داخلی مجلس شورای اسلامی، گزارش خود را نهایی و به انضمام اسناد به کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی ارسال کرد. 
در این گزارش در بخش مروبط به گروه کشتیرانی جمهوری اسلامی آمده است: 
معاون مالی گروه کشتیرانی جمهوری اسلامی در سال های 1394 تا 1398 برخی گردش های مالی مشکوک داشته تا این که مستند به گزارش های سازمان بازرسی کل کشور در سال 1398 ، پرونده سوء جریانات مالی معاون مالی وقت کشتیرانی به صورت مباشرتی با همدستی برخی افراد دیگر کشتیرانی طی شکایتی نزد دادسرای امور کارکنان دولت تشکیل شد.
طبق نامه 1189/12600مورخ 7/9/1442 مدیریت حسابداری مالی شرکت کشتیرانی به هیئت تحقیق و تفحص مجلس شورای اسلامی در خصوص تخلفات مالی انجام شده از سوی معاون اسبق مالی شرکت کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران طی سال های مسئولیت از سال 1394 الی 1398 ، با ارجاع و تشکیل پرونده موضوع تخلف فوق الذکر به دادسرای جرائم کارکنان دولت به شماره ... مورخ 27/2/1399 نزد شعبه 15 بازپرسی رسیدگی به پرونده شروع شده و در جریان است. بر اساس بررسی های انجام شده توسط کارشناس منتخب رسمی دادگستری چنین گزارش شده است که  « دفاعیات شرکت کشتیرانی و وکالای متهم مطالعه و مستندات ارائه شده مورد بررسی قرار گرفته است، مانده بدهی ناشی از برداشت های غیرمجاز مشارالیه به مبلغ 15 میلیون و 476 هزار و 101 دلار، مبلغ 100 هزار یورو و مبلغ 67 میلیارد و 903 میلیون و 758 هزار و 983 ریال اعلام می گردد (در مجموع 15 هزار و 704 میلیون و 221 دلار )».