میانگین تخفیف ۷۰  درصدی در کلیه ردیف های حقوق و عوارض بندری وارد بر کشتی های کانتینری در صورت ایجاد خط ‏‏منظم کشتیرانی، تخفیف حداقل ۳۰ درصد در هزینه های تخلیه و بارگیری کانتینر (‏THC) ‎نسبت به سایر بنادر جنوبی کشور از ‏‏جمله مزایای انتخاب این بندر  برای صاحبان کالا و  خطوط کشتیرانی است.‏ تخفیف ۷۵ درصدی در انبارداری کانتینرهای ‏وارداتی و ۸۵ درصد در انبارداری کانتینرهای صادراتی،  تخفیف ۳۰ درصدی در ‏هزینه باربری و انبارداری وارده بر کالاهای ‏غیر کانتینری نسبت به سایر بنادر کشور از دیگر مزایای این بندر استراتژیک است.‏
به گزارش اقتصادسرآمد، مدیرکل بنادر و دریانوردی سیستان و بلوچستان گفت: در حال حاضر فعالین اقتصادی و صاحبان کالا از ‏مزایای قانون مناطق آزاد بهره مند هستند و مشکلی در ارائه خدمات تخصصی دریایی و بندری، وجود ندارد.‏
بهروز آقایی گفت: خطوط کشتیرانی و صاحبان کالا که اقدام به جابجایی کالا از طریق بندر چابهار می نمایند، علاوه بر بهره مندی ‏از تخفیفات منطقه آزاد در ترخیص کالاهای تجاری، مشمول تخفیف‌های ویژه در تعرفه‌های دریایی و بندری وارده بر کالا و کشتی ‏نیز می‌شوند که موجب کاهش هزینه تمام شده واردات، صادرات و ترانزیت کالا خواهد شد.‏
وی ادامه داد: این تخفیفات  شامل عوارض و هزینه های وارده بر کشتی، هزینه‌های انبارداری و باربری کالا می باشد.‏
به گفته این مقام مسئول، در حال حاضر بستر مناسب بهره گیری تجار و صاحبان کالا از مزایای قانون تبدیل بنادر شهید بهشتی و ‏شهید کلانتری به منطقه آزاد فراهم گردیده است. لذا مسئولان این اداره کل و منطقه آزاد در حال ایجاد فرآیندی برای هم افزایی و ‏تقریب بیشتر در افزایش بهره گیری ذینفعان از این مزایا هستند. مطمئنا هدف مشترک کلیه مدیران تسهیل و تسریع جریان ورود ‏خروج کالا، کاهش هزینه های سرمایه گذاری و از همه مهمتر رضایتمندی مشتریان و ذینفعان بندری و اقتصادی خواهد بود که ‏برآیند کلیه بسترهای نرم افزاری، فرآیندی و سخت افزاری توسعه منطقه و بهره مندی مردم از امکانات موجود خواهد بود لذا هیچ ‏اختلافی در حاکمیت و اجرای امور تخصصی وجود ندارد.‏
آقایی تصریح کرد: میانگین تخفیف ۷۰  درصدی در کلیه ردیف های حقوق و عوارض بندری وارد بر کشتی های کانتینری در ‏صورت ایجاد خط منظم کشتیرانی، تخفیف حداقل ۳۰ درصد در هزینه های تخلیه و بارگیری کانتینر (‏THC) ‎نسبت به سایر بنادر ‏جنوبی کشور از جمله مزایای انتخاب این بندر  برای صاحبان کالا و  خطوط کشتیرانی است.‏
وی اذعان کرد: تخفیف ۷۵ درصدی در انبارداری کانتینرهای وارداتی و ۸۵ درصد در انبارداری کانتینرهای صادراتی،  تخفیف ‏‏۳۰ درصدی در هزینه باربری و انبارداری وارده بر کالاهای غیر کانتینری نسبت به سایر بنادر کشور از دیگر مزایای این بندر 
‏استراتژیک است.‏