در سال ۱۳۵۵ با همکاری دانشگاه ساوت‌همپتون انگلستان و دانشگاه سیستان و بلوچستان با نام «دانشکده دریانوردی و علوم دریایی چابهار» برای پرورش نیروی متخصص ناوگان دریایی کشور بنیان گذاشته شد و مدیریت و راهبری آن توسط مستشاران و مدرسان انگلیسی انجام می‌گرفت.
در سال ۱۳۵۷ با پیروزی انقلاب اسلامی ایران و استقرار انقلاب فرهنگی کلیه مدرسین غیر ایرانی، دانشگاه را ترک گفتند و همه امور آموزشی، پژوهشی و اجرایی به استادان ایرانی واگذار شد. به عبارت دیگر همه دروسی که پیشتر توسط استادان خارجی تدریس می‌شد اینک توسط استادان ایرانی به ویژه دانش‌آموختگان ممتاز این دانشگاه که مدارک خود را با استفاده از بورس وزارت علوم، تحقیقات و فناوری یا همین دانشگاه در دانشگاه‌های طراز اول خارج از کشور گرفته‌اند ارائه، تدریس و مدیریت می‌شود.
این دانشگاه در سال ۱۳۸۱ از دانشگاه سیستان و بلوچستان منفک گردید و به عنوان یک مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی مستقل کار خود را تا سال ۱۳۸۴ ادامه داد و از تیر ۱۳۸۴ از مرکز آموزش عالی به دانشگاه ارتقا یافت و رشته‌های جدید مهندسی کشتی‌سازی، مهندسی الکترونیک و مخابرات دریایی و مهندسی شیلات، مهندسی عمران، مدیریت و بازرگانی دریایی و اقتصاد بازرگانی نیز به رشته‌های پیشین افزوده گردید.
 این دانشگاه برای تربیت دانشجویان برخی از رشته‌های تحصیلی که جنبه بین‌المللی دارند، بر اساس کنوانسیون اس‌تی‌سی‌دبلیو (STCW) و مقررات سازمان بین‌المللی دریانوردی (IMO) تابعه سازمان ملل متحد ملزم به ارائه دروس تخصصی و الزامی به زبان انگلیسی و بر اساس استانداردهای بین‌المللی است. با استقرار مدیریت سیستم کیفیت در این دانشگاه، کیفیت و کمیت محتوای دروس برخی از دوره‌ها، توانمندی مدرسین، امکانات آموزشی، پژوهشی، برگزاری دوره‌های تخصصی، امتحانات و امکانات رفاهی این دانشگاه توسط بازرسانی از سوی سازمان‌های DNV , TÜV NORD و سازمان بنادر و دریانوردی ایران به صورت ادواری و تصادفی ممیزی می‌گردد تا با استانداردهای جهانی تطبیق نماید.
در حال حاضر این دانشگاه با حدود ۳۰ رشته / گرایش در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری و به صورت روزانه تمام وقت، شبانه و دوره پردیس دانشگاه یکی از مطرح‌ترین دانشگاه‌های علمی و تحقیقاتی در زمینه‌های علوم و فنون دریایی در منطقه است. این دانشگاه تا پایان سال ۱۳۹۳ تنها در رشته مهندسی دریا - دریانوردی گرایش های ناوبری و موتورخانه حدود چهار هزار نفر نیروی متخصص دریانورد در گرایش‌های فرماندهی عرشه و موتورخانه کشتی‌های تجاری تربیت و فارغ‌التحصیل نموده‌است. این دانشگاه با تربیت نیروهای متخصص ناوگان تجاری کشور، مدیریت بندری و کشتیرانی، بازرگانی دریایی، حمل و نقل دریایی بین قاره ای، شیلات و آبزیان، زیست شناسی دریا، آرشیتکت کشتی و ..... سهم بسزایی در خودکفایی جمهوری اسلامی ایران در تامین نیروی متخصص مورد نیاز کشور در بخش صنعت حمل و نقل دریایی، علوم و فنون دریایی داشته است. در تاریخچه این دانشگاه اساتید بنامی مانند مرحوم کاپیتان فیلیپوآلکساندر، مرحوم کاپیتان جان لیدل، کاپیتان جاکوب آبراهام، کاپیتان موهیندرا، کاپیتان پاندا و کاپیتان روشندلی به عنوان اساتید بنیانگذار این دانشگاه می درخشد.
دانشگاه دریایی «چابهار»؛ بهترین نمونه یک مرکز دانشگاهی بین المللی در صنعت دریانوردی
در سال ۱۳۵۵ با همکاری دانشگاه ساوت‌همپتون انگلستان و دانشگاه سیستان و بلوچستان با نام «دانشکده دریانوردی و علوم دریایی چابهار» برای پرورش نیروی متخصص ناوگان دریایی کشور بنیان گذاشته شد و مدیریت و راهبری آن توسط مستشاران و مدرسان انگلیسی انجام می‌گرفت.
در سال ۱۳۵۷ با پیروزی انقلاب اسلامی ایران و استقرار انقلاب فرهنگی کلیه مدرسین غیر ایرانی، دانشگاه را ترک گفتند و همهٔ امور آموزشی، پژوهشی و اجرایی به استادان ایرانی واگذار شد. به عبارت دیگر همهٔ دروسی که پیشتر توسط استادان خارجی تدریس می‌شد اینک توسط استادان ایرانی به ویژه دانش‌آموختگان ممتاز این دانشگاه که مدارک خود را با استفاده از بورس وزارت علوم، تحقیقات و فناوری یا همین دانشگاه در دانشگاه‌های طراز اول خارج از کشور گرفته‌اند ارائه، تدریس و مدیریت می‌شود.این دانشگاه در سال ۱۳۸۱ از دانشگاه سیستان و بلوچستان منفک گردید و به عنوان یک مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی مستقل کار خود را تا سال ۱۳۸۴ ادامه داد و از تیر ۱۳۸۴ از مرکز آموزش عالی به دانشگاه ارتقا یافت و رشته‌های جدید مهندسی کشتی‌سازی، مهندسی الکترونیک و مخابرات دریایی و مهندسی شیلات، مهندسی عمران، مدیریت و بازرگانی دریایی و اقتصاد بازرگانی نیز به رشته‌های پیشین افزوده گردید. این دانشگاه برای تربیت دانشجویان برخی از رشته‌های تحصیلی که جنبه بین‌المللی دارند، بر اساس کنوانسیون اس‌تی‌سی‌دبلیو (STCW) و مقررات سازمان بین‌المللی دریانوردی (IMO) تابعه سازمان ملل متحد ملزم به ارائه دروس تخصصی و الزامی به زبان انگلیسی و بر اساس استانداردهای بین‌المللی است. با استقرار مدیریت سیستم کیفیت در این دانشگاه، کیفیت و کمیت محتوای دروس برخی از دوره‌ها، توانمندی مدرسین، امکانات آموزشی، پژوهشی، برگزاری دوره‌های تخصصی، امتحانات و امکانات رفاهی این دانشگاه توسط بازرسانی از سوی سازمان‌های DNV , TÜV NORD و سازمان بنادر و دریانوردی ایران به صورت ادواری و تصادفی ممیزی می‌گردد تا با استانداردهای جهانی تطبیق نماید.در حال حاضر این دانشگاه با حدود ۳۰ رشته / گرایش در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری و به صورت روزانه تمام وقت، شبانه و دوره پردیس دانشگاه یکی از مطرح‌ترین دانشگاه‌های علمی و تحقیقاتی در زمینه‌های علوم و فنون دریایی در منطقه است. این دانشگاه تا پایان سال ۱۳۹۳ تنها در رشته مهندسی دریا - دریانوردی گرایش های ناوبری و موتورخانه حدود چهار هزار نفر نیروی متخصص دریانورد در گرایش‌های فرماندهی عرشه و موتورخانه کشتی‌های تجاری تربیت و فارغ‌التحصیل نموده‌است. این دانشگاه با تربیت نیروهای متخصص ناوگان تجاری کشور، مدیریت بندری و کشتیرانی، بازرگانی دریایی، حمل و نقل دریایی بین قاره ای، شیلات و آبزیان، زیست شناسی دریا، آرشیتکت کشتی و ..... سهم بسزایی در خودکفایی جمهوری اسلامی ایران در تامین نیروی متخصص مورد نیاز کشور در بخش صنعت حمل و نقل دریایی، علوم و فنون دریایی داشته است. در تاریخچه این دانشگاه اساتید بنامی مانند مرحوم کاپیتان فیلیپوآلکساندر، مرحوم کاپیتان جان لیدل، کاپیتان جاکوب آبراهام، کاپیتان موهیندرا، کاپیتان پاندا و کاپیتان روشندلی به عنوان اساتید بنیانگذار این دانشگاه می درخشد.