اجبار ثبت سفارش و همچنین استقرار سامانه جامع امور گمرکی در مناطق آزاد که حجم و آمار ورود کالا به مناطق را ثبت و ‏مشخص می‌کند؛ موضوعی است که مسئولان آن را سندی بر رد این اتهام که مناطق آزاد مبادی ورودی کالای قاچاق هستند، ‏می‌دانند.‏
به گزارش اقتصادسرامد به نقل از ایسنا، محمد امین اله‌داد، دبیر کمیته راهبردی فناوری اطلاعات و مدیر پروژه پنجره واحد مناطق آزاد، در رابطه با آخرین وضعیت ‏اجرایی شدن مصوبه هیات دولت در سال ۱۳۹۴ مبنی بر استقرار گمرک در مبادی ورودی مناطق آزاد، گفت: تا پیش از این ‏مصوبه، گمرک درپایانه‌های خروجی مناطق آزاد مستقر اما در مبادی ورودی نبود و دلیل به این برمی‌گشت که طبق قانون ‏چگونگی اداره مناطق آزاد، مبادلات بازرگانی مناطق با خارج از کشور پس از ثبت گمرکی از شمول مقررات صادرات و واردات ‏مستثنی هستند و مقررات صدور و ورود کالا و تشریفات گمرکی در محدوده هر منطقه به تصویب هیأت وزیران می‌رسد. ‏
وی ادامه داد: استقرار گمرک در مبادی ورودی از این جهت قابل اهمیت بود که ورود کالا به مناطق آزاد طبق قانون چگونگی ‏اداره این مناطق رویه‌های ویژه خود را دارد؛ از این‌رو نیازمند آن بود که در سامانه جامع امور گمرکی این رویه‌ها وجود داشته ‏باشد. بر این اساس طبق تفاهم بین گمرک و شورای عالی مناطق آزاد، بنا بر آن شد تا نسخه‌ای ویژه از سامانه جامع امور گمرکی ‏برای مناطق آزاد تهیه و در مبادی ورودی آن مستقر شود، از این رو سیستمی که در کشور وجود داشت را با همان ظرفیت‌های ‏کارشناسی به کار گرفتیم تا در مسیر استقرار این سامانه از دوباره کاری‌ها پرهیز شده و کمترین مشکل ایجاد شود.‏
اله‌داد گفت: با تفاهمی که با گمرک ایران صورت گرفته است، ضمن تعریف تقسیم کار، بنا بر این شد که گمرک روی فرآیند ورود ‏کالا به منطقه نظارت داشته باشد. آن چه از اهمیت ویژه برخوردار است یکپارچگی اطلاعات و عملیات سامانه جامع امور گمرکی ‏در سرزمین اصلی و مناطق آزاد است که محقق شد.‏
به گفته وی، آنچه در مورد استقرار سامانه به عنوان تکلیف مناطق آزاد مشخص شده بود انجام شده و تنها موضوعات فنی ‏تخصصی و ایجاد خدمات مبتنی بر نیازهای اختصاصی برای عملکرد بهتر مناطق باقی مانده که این موارد نیز در حال انجام ‏است.‏