گروه بانک، بیمه و بازار سرمایه- مناطق آزاد برای تشویق صادرات صنعتی، شامل کارخانجات تولیدی و صنعتی موقعیت مناسبی برای سرمایه گذاری داخلی و خارجی دارند. به طوری که با بهره گیری از مزایایی نظیر معافیت های مالیاتی ، بخشودگی سود و عوارض گمرکی و عدم وجود تشریفات زاید ارزی و اداری و همچنین سهولت  و تسریع فرایندهای واردات و صادرات با جذب سرمایه گذاری های خارجی و انتقال فناوری  به توسعه سرزمین اصلی کمک می نمایند.
به گزارش اقتصادسرآمد، به موجب بخشنامه حق تمبر موضوع ماده 48 قانون مالیات های مستقیم در مناطق آزاد تجاری ، اشخاص حقیقی و حقوقی که در منطقه به انواع فعالیت اقتصادی اشتغال دارند، نسبت به هر نوع فعالیت اقتصادی در منطقه آزاد از تاریخ بهره برداری مندرج در مجوز به مدت بیست سال از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیات های مستقیم معاف خواهند بود.
اصلاح معافیت‌های مالیاتی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در شرایطی که یکی از مشوق‌های اصلی سرمایه‌گذاری در این مناطق بوده و از قوانین مربوط به آن‌هاست موجب اختلاف نظرها و چالش‌هایی بین مسئولان مربوطه در مناطق آزاد، دولت و مجلس شد؛ موضوعی که هنوز تصمیم نهایی در مورد آن اتخاذ نشده است.
بر این اساس، سالهاست که مناطق آزاد طبق قوانین مربوط به اداره خود از معافیت مالیاتی ۲۰ و همچنین مالیات بر ارزش افزوده معاف هستند، ولی با ورود دولت برای اصلاح معافیت های مالیاتی و مشمولیت بخشی از این معافیت ها، موضوع اصلاح معافیت‌ها در مناطق آزاد نیز مورد توجه قرار گرفت که در جریان بررسی لایحه اصلاح مالیات‌های مستقیم در دستور کار قرار دارد.
اما نه تنها موافقتی از سوی مسئولان در مناطق آزاد درباره اصلاح مالیاتی این مناطق وجود نداشت، بلکه بارها مخالفت خود را اعلام و آن را تهدیدی برای ادامه فعالیت در مناطق آزاد دانستند.
اکنون، آنطور که مسئولان مناطق آزاد می‌گویند با پایان دوره ۲۰ ساله معافیت مالیات بر درآمد و دارایی فعالان اقتصادی باید از این پس هر ساله ۲۰ درصد مالیات پرداخت کرده تا به رقم سرزمین اصلی برسد.
جمالی  معاون اقتصادی شورای عالی مناطق آزاد- در گفت‌وگو با ایسنا، در رابطه با مصوبه اخیر مجلس درباره لایحه مالیات بر درآمد و دارایی فعالان اقتصادی در مناطق آزاد تجاری و صنعتی توضیح داد که بعد از تصویب قانون چگونگی اداره مناطق آزاد قرار بود که در یک دوره ۱۵ ساله فعالیت اقتصادی در مناطق آزاد از دریافت مالیات بر درآمد و دارایی معاف باشند که بعد از آن اصلاح و پنج سال به آن اضافه شد و بر این اساس معافیت مالیاتی فعالان اقتصادی به ۲۰ سال رسید.
وی با بیان اینکه در قانون دیده شده بود که بعد از ۲۰ سال براساس لایحه‌ای که از دولت به مجلس می‌رود تکلیف ادامه روند معافیت مالیاتی و یا پرداخت مالیات مشخص و براساس آن عمل شود. گفت: بر این اساس آنچه که اکنون در مجلس به تصویب رسیده براساس لایحه‌ای است که دولت بنا بر تکلیف قانون برای روشن شدن وضعیت معافیت مالیات بر درآمد و دارایی فعالان اقتصادی مناطق آزاد به مجلس ارائه کرده چرا که این زمان ۲۰ ساله برای معافیت تمام شده و باید ادامه مسیر مشخص شود.
معاون اقتصادی شورای عالی مناطق آزاد با اشاره به پیشنهادی که دولت به مجلس در این رابطه ارائه کرده بود گفت: پیشنهاد کردیم کسانی که معافیت مالیاتی آن‌ها بعد از ۲۰ سال تمام می‌شود باید به صورت پلکانی هر ساله ۲۰ درصد مشمول شوند تا بعد از پنج سال معافیت مالیاتی آن‌ها به رقم سرزمین اصلی برسد.
جمالی گفت:‌ در حال حاضر مجلس با کلیت لایحه پیشنهادی دولت موافقت کرده و به تصویب رسیده است و جزئیات آن نیز در هفته‌های آینده مشخص خواهد شد.
اما در کنار لایحه مربوط به معافیت مالیاتی درآمد و دارایی فعالان اقتصادی مناطق آزاد از سال گذشته در اصلاح لایحه قانون مالیات‌های مستقیم بحث اصلاح معافیت ۲۰ ساله مناطق آزاد و همچنین ارزش افزوده مطرح بوده است. آن طور که معاون اقتصادی شورای عالی مناطق آزاد می‌گوید این بحث کاملا متفاوت از موضوع لایحه مربوط به معافیت مالیاتی درآمد و دارایی فعالان اقتصادی خواهد بود و به طور جداگانه در دولت در حال بررسی است.