حضرت‌ آیت الله خامنه ای در دیدار با خانواده شهید فخری‌زاده گفتند: علوّ مقامی که خداوند با شهادت به شهید محسن فخری زاده عطاء کرد، مزد زحمات و اخلاص کم‌نظیر او بود و این مقام با هیچ‌یک از مقام‌های دنیوی قابل مقایسه نیست.
به گزارش اقتصادسرآمد از پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، خانواده دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور شهید محسن فخری‌زاده عصر امروز (دوشنبه) با رهبر معظم انقلاب اسلامی دیدار کردند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار با تجلیل از برجستگی‌های علمی و فنی شهید فخری‌زاده و حضور سخت‌کوشانه آن دانشمند عالی‌مقام در میدان علم و عمل، گفتند: علوّ مقامی که خداوند با شهادت به آن بزرگوار عطاء کرد، مزد زحمات و اخلاص کم‌نظیر او بود و این مقام با هیچ‌یک از مقام‌های دنیوی قابل مقایسه نیست.
رهبر انقلاب اسلامی، عظمت یافتن نام شهید فخری‌زاده در میان عموم مردم و ابراز تأسف بسیاری از جوانان از ناشناخته بودن او در زمان حیاتش را از دیگر آثار اخلاص شهید دانستند.
ایشان همچنین گفتند: همسران شهدا در اجر آن ها شریک هستند و از خداوند می‌خواهیم که صبر و آرامش خود را بر دل‌های شما نازل فرماید و به توفیق الهی بتوانید حرکت خود را متناسب با شأن شهید ادامه دهید.
در این دیدار، همسر و فرزندان شهید فخری‌زاده با قدردانی از پیام محبت‌آمیز و روشنگر رهبر انقلاب اسلامی پس از ترور شهید فخری‌زاده، تبیین جریان فکریِ شهدای جهاد علمی و الگوسازی از آنان را مورد تأکید قرار دادند.
گوشه‌هایی از زوایای پنهان و ناآشنای شخصیتی و تلاش‌های علمی فخری‌زاده از زبان برخی از همکاران و دوستان شهیدش 
حجت‌الاسلام دکتر عبدالحسین خسروپناه، استاد حوزه و دانشگاه و رئیس مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، در مصاحبه‌ای با پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری درباره ویژگی‌های شهید فخری‌زاده گفت: «شخصیت دکتر فخری‌زاده، شخصیت جامعی بود که سه ویژگی را با هم داشت. ویژگی اول اینکه ایشان دانشمند هسته‌ای بود. رشته‌اش فیزیک هسته‌ای بود و دانش فیزیک هسته‌ای را متفکرانه می‌دانست. ویژگی دوم ایشان، صفا، حالات عرفانی، خلق وخو، ویژگی‌های اخلاقی و عرفانی بود. نگاه شهید فخری‌زاده به عالم و آدم واقعا توحیدی بود؛ یک شخصیت معنوی که اهل تهجد، اهل ذکر و اهل مسائل عرفانی بود. ویژگی سومی که حاج محسن داشت، توان بسیار بالای مدیریتی ایشان بود که می‌توانست تیم‌های مختلف علمی را جمع کند و در زمینه‌های مختلف دستاوردی را به نتیجه برساند. ایشان در حوزه هسته‌ای جزو مدیران کلان تیم‌های مختلف هسته‌ای بود؛ چون فعالیت‌های هسته‌ای تیم‌های متعددی دارد. در حوزه‌های موشکی و در یک سال اخیر در‌زمینه کرونا و تولید کیت تست کرونا و تولید واکسن که الان به آزمایش انسانی رسیده، توان مدیریت بالای ایشان بود که توانست مجموعه‌ها را جمع کند و کار را به نتیجه برساند. به نظر من، جمع این سه ویژگی، ایشان را یک شخصیت کم‌نظیر و برجسته کرد که باید به آن توجه کنیم.»
دکتر محمدمهدی طهرانچی، رئیس دانشگاه آزاد اسلامی و عضو هیئت‌علمی دانشکده فیزیک دانشگاه شهید‌بهشتی، و همچنین از دوستان و همکاران شهید فخری‌زاده نیز در گفت‌وگویی با پایگاه اطلاع‌رسانی مقام معظم رهبری، درباره ویژگی‌های این شهید بزرگوار گفت: «این شهید بزرگوار سال‌ها توانست به‌عنوان حلقه مرکزی فعالیت‌های علمیِ هسته‌ای و دفاعی منشأ خدمات باشد. ایشان در حوزه تخصصی، جایگاه خودش را که در حوزه دتکتور‌های هسته‌ای بود خوب می‌دانست؛ اما وقتی در‌کنار دیگر دوستان می‌نشست، هیچ وقت به‌عنوان مدعی و حرف آخر، حرف نمی‌زد. این خصلت اجازه داده بود که فخری‌زاده یک مدیر دوست‌داشتنی برای همه خادمین علم و خادمین ملت بزرگ ایران باشد و این ویژگی آن‌ها را جذب ایشان کرده بود؛ اما ابعاد دیگری هم در وجود فخری‌زاده بود که این شهید بزرگوار را به‌عنوان قطب حرکتی شهیدانی، چون علیمحمدی، شهریاری و دیگر عزیزان قرار داده بود، آن هم جنبه‌های معنوی و عرفانی این عزیز بود. ایشان با حافظ خیلی مأنوس بود. وقتی شما وارد اتاق فخری‌زاده می‌شدید، دورتادور اتاق، اشعار حافظ بود که شما را مجذوب می‌کرد. وقتی با ایشان سر صحبت را باز می‌کردی، دنیایی از عمق، عرفان و شناخت را با خودش همراه داشت.»برای آشنایی با دیگر ویژگی‌های شهید فخری‌زاده، گفتاری از دکتر سیدمحمودرضا آقامیری، رئیس دانشگاه آزاد اسلامی استان تهران و از دوستان ایشان هم، درخور توجه است. او در پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری می‌نویسد: «در‌کنار این علم دارای خصوصیات جامع، اهل ادب، فلسفه و شعر بود. در‌عین‌حال نیاز‌های زمان خودش را می‌شناخت و می‌دانست در این زمان برای کارکردن باید خون داد، آبرو داد، زندگی داد و به‌عبارتی، زندگی خود را ویران کرد تا کشور خودش را آباد کند. مهربان و دلسوز بود. نکته خوبی که داشت شنونده خوبی بود. می‌شنید و تفکر می‌کرد و تصمیم می‌گرفت. به‌خاطر همین همه کسانی که با دکتر فخری‌زاده آشنایی دارند می‌دانند که با او راحت می‌توانستند حرف بزنند، چون حرف‌هایشان را کامل گوش می‌کرد و بعد اظهارنظر می‌کرد.»