در نبود اعتبار و باز نشدن اعتبارات اسنادی برای خط‌آهن سریع‌السیر تهران-قم-اصفهان، این پروژه با وجود تجهیز کارگاه از سوی قرارگاه خاتم به عنوان پیمانکار، در آستانه قفل شدن قرار دارد و پیشرفت آن بعد از چند سال، ۴ درصد برآورد می‌شود.
به گزارش خبرنگار اقتصادی خبرگزاری فارس خط‌آهن‌ سریع‌السیر تهران- قم - اصفهان از آن منظر که اولین اقدام در ساخت راه‌آهن سریع‌السیر کشور است، جزو پروژه‌های خاص عمرانی محسوب می‌شود.
‌راه‌آهن سریع‌السیر تهران – قم – اصفهان به عنوان نخستین و بزرگترین راه‌آهن پرسرعت کشور به طول ۴۱۰ کیلومتر با سرعت عملیاتی ۳۰۰ کیلومتر در ساعت در قالب ۲۲ ست قطار هشت واگنی طراحی شده و قادر به جابه‌جایی ۱۶ میلیون مسافر در سال است و در طول مسیر از شهرهای قم، دلیجان و میمه عبور می‌کند.
این پروژه شامل دو قطعه تهران- قم به طول ۱۶۵ کیلومتر و قم- اصفهان به طول ۲۴۵ کیلومتر‌ است که توسط قرارگاه سازندگی خاتم‌الانبیاء(ص) و مشارکت یک شرکت چینی در حال اجرا است.
از مشکلات عمده این پروژه موضوع تأمین مالی و اعتبارات است، که همین امر سرعت اجرای پروژه را بسیار کند کرده و پروژه در آستانه قفل شدن است، البته قرارگاه  از محل منابع خود در این پروژه تا اندازه‌ای در حال کار است‌، در این پروژه قرارگاه تجهیز و در خط مستقر شده‌ است، همچنین کارگاه‌ها، امکانات و ماشین‌‌آلات در پروژه آماده و تجهیز است.
‌اسناد قراردادی این پروژه در فروردین ماه ۹۷ مبادله شد، در این پروژه فاینانسر شرکت CREC چین است، اجرای بخش سیویل برعهده قرارگاه سازندگی خاتم‌الأنبیا و بخش تجهیزات بر عهده طرف چینی است.
‌براساس پیگیری های خبرنگار فارس، همچنین اعتبارات اسنادی (LC) کوچک‌تری به مبلغ ۱۳.۶ میلیارد یوآن باز شد که دو مرحله‌ای شد، یک مرحله‌‌ دریافت و عملیاتی شد، یک مرحله‌‌ هم هنوز انجام نشد.
‌در مرحله‌ کلی باید LC پروژه باز شود که باز نشد، زیرا تغییری در کارفرما رخ داد. ماجرا از این قرارست که در ابتدا همه اسناد و مدارک به نام شرکت ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور بود، و این شرکت به عنوان کارفرما بود ولی بعدا تصمیم‌گیری شد شرکت راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران کارفرما شود.
‌۲۸ بهمن‌ماه ۹۷ تصویب‌نامه مصوب جلسه مورخ ۱۷ بهمن ۹۷ هیأت وزیران در خصوص«تغییر دستگاه اجرایی طرح راه‌آهن سریع السیر تهران - قم - اصفهان و قم - اراک» و همچنین پروژه «احداث پل راه آهن خرمشهر-بصره»، طی نامه ای توسط‌ معاون اول رییس جمهور ابلاغ شد.
‌همین تغییر اسناد و مدارک از شرکت ساخت به شرکت راه‌‌آهن جمهوری اسلامی ایران ۱.۵ سال اجرای این پروژه را به تاخیر انداخت، البته کماکان‌ پروژه گره‌هایی دارد چون ضمانت‌نامه به نام کارفرمای قبلی بود که باید به نام کارفرمای جدید (شرکت راه‌آهن) شود. ‌چینی‌ها بخشی از پول اولیه را که رقم ناچیزی هم بود به خاطر طراحی‌ برداشت کردند. از سوی دیگر، رقم محدودی از همان عدد اولیه ‌به قرارگاه اختصاص یافت که قرارگاه با همین ‌رقم محدود، ۱۰ گروه اجرایی را در پروژه مستقر کرد و اجرای پروژه‌ آغاز شد. پیشرفت محدود این پروژه در قطعه اصفهان-قم است و قطعه تهران-قم در قطار سریع‌السیر تهران-قم-اصفهان هنوز آغاز نشده است‌، چون هنوز تامین مالی رخ نداده است و طبق تصمیم مسئولان صلاح نیست همه قطعات پروژه‌ درگیر و یا به قول معروف زخمی شود. برای رفع مشکلات مالی این پروژه و خروج از حالت توقف، باید اعتبارات اسنادی (LC) باز شود و پول بیاید، زیرا به هر حال الان پروژه به دلیل نبود منابع مالی تقریبا در حال قفل شدن است.