براساس گزارش سازمان حسابرسی کشور دلیل اختلاس ۱۰۸ میلیارد تومانی بندر امام عدم نظارت کافی و مستمر بر فرآیند عملیاتی دریافت و پرداخت بانکی بوده است.به گزارش اقتصاد سرآمد،  بررسی گزارش سازمان حسابرسی کشور از سازمان بنادر و دریانوردی نشان می‌دهد در سال مالی 1402 به‌دلیل عدم نظارت کافی و مستمر بر فرآیند عملیاتی دریافت و پرداخت بانکی منجر به سوءاستفاده یکی از کارکنان مستقر در بندر امام خمینی و برداشت غیرقانونی به مبلغ 1088 میلیارد ریال (108 میلیارد و 800 میلیون تومان) از حساب بانکی سازمان بنادر و دریانوردی و خروج وی از کشور شده است. همچنین 2 قطعه زمین به مساحت 36.5 هکتار واقع در استان‌های خوزستان و بوشهر و 821.3 هکتار از اراضی استحصال شده در بنادر بوشهر، چابهار،‌ خارگ و شهید رجایی فاقد اسناد مالکیت هستند. مضافاً 676 هکتار از اراضی موسوم به 2400 هکتاری در بندر شهید رجایی و 254 هکتار از اراضی بندر شهید باهنر در تصرف دیگران است. در بخش دیگری از گزارش سازمان حسابرسی آمده است: «مبلغ 12958 میلیارد ریال از سرفصل‌های دریافتنی‌های تجاری و سایر دریافتنی‌ها عمدتاً مربوط به شرکت پالایش نفت بندرعباس به‌مبلغ 3326 میلیارد ریال، شرکت دریابندر ناب کیش به مبلغ 1512 میلیارد ریال و شرکت راهبران بندر فریدون‌کنار به مبلغ 588 میلیارد ریال راکد و نقل از سال‌های گذشته است که صرفاً از این بابت مبلغ 1367 میلیارد ریال کاهش ارزش در حساب‌های منظور شده و اقدامات انجام شده به‌ دلیل عدم دریافت تضمین معتبر منجر به وصول نشده است. مبلغ 51800 میلیارد ریال طی 4 فقره از حساب بانکی سازمان بنادر و دریانوردی توسط خزانه‌داری برداشت و در سال مالی بعد به سرفصل دریافتنی‌ها ا ز خزانه‌داری منظور شده است. طبق نامه شماره .... مورخ 1403/1/30 رئیس سازمان برنامه و بودجه مبلغ 51000 میلیارد ریال و مصوبه شماره .... مورخ 1403/3/27 هیئت وزیران و طبق نامه شماره ... مورخ 1403/3/31 رئیس سازمان برنامه و بودجه کل کشور مبلغ 800 میلیارد ریال بابت تامین مطالبات گندم‌کاران از حساب سازمان بنادر و دریانوردی نزد خزانه‌داری کل کشور برداشت شده است. دعاوی متعددی بابت موضوعات ابطال، خسارت تاخیر و اجرت‌المثل ایام تصرف و بهای سود اراضی، ایفای تعهدات قراردادی، بهای 10 دستگاه کانتینر و ... در مراجع قضایی مطرح و در جریان پیگیری است.»