معاون اقتصادی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی گفت: با هماهنگی سازمان امور مالیاتی و گمرک ایران ترخیص کالاهای این محدوده‌ها با صدور چک برای مالیات بر ارزش افزوده تسهیل و تسریع شد.به گزارش اقتصادسرآمد، احمد جمالی افزود: پیش از این، بر اساس ماده ۵۲ قانون سال ۱۳۸۷، مناطق آزاد و ویژه اقتصادی از پرداخت این نوع مالیات معاف بودند، اما در قانون جدید مشمول پرداخت شده‌اند.وی ادامه  داد: بر اساس این قانون، گمرک موظف است از تولیدات داخلی منطقه آزاد مالیات و عوارض بگیرد و همچنین حقوق ورودی نیز برای صادرات همین محصولات باید پرداخت شود.جمالی تاکید کرد: تراز تجاری مثبت منطقه، قرار گرفتن منطقه در خارج از نقاط جمعیتی و محصور بودن آن سه شرطی بود که فعالان اقتصادی را در قانون ۱۴۰۰ برای از مالیات بر ارزش افزوده معاف می‌کرد، اما قانون‌گذار به این نکته توجه نکرده بود که موارد تعیین شده مصداقی در کشور ندارد، به همین دلیل تمام مناطق آزاد مشمول پرداخت این مالیات برای صادرات و واردات به سرزمین اصلی می‌شوند.وی ادامه داد: در بیشتر موارد فعالان اقتصادی مجبور به پرداخت دو بار مالیات می‌شوند؛ نخست ورود مواد لازم برای تولید به این محدوده و سپس خروج آن از گمرک به سرزمین اصلی، این تجار را مجبور به پرداخت دو مرتبه مالیات بر ارزش افزوده می‌کند.معاون اقتصادی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی گفت: با اجرایی شدن این قانون از دی ماه سال گذشته نه‌تنها این محدوده‌ها شامل معافیت نشدند بلکه مضاعف باید مبلغی را پرداخت می‌کردند که این شرایط موجب شد تا دولت لایحه‌ای را برای اصلاح این قانون به مجلس شورای اسلامی ارائه دهد تا شروط ذکر شده حذف شود.جمالی تصریح کرد: بر همین اساس با هماهنگی سازمان امور مالیاتی و گمرک برای حل مشکل واحدهای تولیدی بخشنامه‌ای صادر شد که بر اساس آن گمرک با معرفی فعال اقتصادی به سازمان امور مالیاتی معادل مالیات بر ارزش افزوده کالاها چک دریافت کند. با این اقدام،‌ بخشی از مشکل فعالان اقتصادی در مناطق آزاد رفع شده است زیرا بعد از صدور چک و تایید سازمان امور مالیاتی کالای تجار در گمرک باقی نمی‌ماند و ترخیص تسریع و تسهیل می‌شود.معاون اقتصادی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد با تاکید بر اینکه با این بخشنامه بخشی از مشکلات حل شده است، بیان کرد: این بخشنامه در آذرماه به گمرک مناطق آزاد ابلاغ شده است تا با دریافت چک روند تشریفات گمرکی را انجام دهند و مالیات ارزش افزوده مانع ورود کالا نشود.