معاون توسعه مدیریت و منابع سازمان امور مالیاتی اظهار داشت: عام شدن معافیت‌ها باعث شده که افرادی با انگیزه بازرگانی مبتنی بر واردات، وارد مناطق شوند و در همین روند بسیاری از درآمدهای مالیاتی در این مناطق ضایع می‌شوند.به گزارش اقتصادسرآمد،  سعید توتونچی درباره تغییر قوانین مالیاتی در مناطق آزاد اظهار داشت: در ابتدا باید این موضوع را مورد بررسی قرار داد که آیا مناطق آزاد کشورمان رسالت اصلی و تعریف شده در بدو تاسیس را در چند دهه گذشته ( از اوایل دهه 70) نسبت به اقتصاد ملی انجام شده‌اند یا خیر و این یک سوال اساسی و مهم است که باید  قبل از تحلیل به آن پاسخ داده شود و باید دید آیا مناطق آزاد رسالت‌های خود ایجاد اشتغال، جذب سرمایه گذاری داخلی و خارجی و تبدیل به بارانداز صادراتی را انجام داده‌اند و باید این موضوع مهم مورد ارزیابی قرار بگیرد.وی ادامه داد: تا همین چند ماه گذشته که قانون مالیات بر ارزش افزوده به اجرا برسد، تمام معافیت‌های قانون مالیات بر ارزش افزوده و مالیات‌های مستقیم برای 20 سال در این مناطق به اجرا رسیده‌ است و تا همین چند ماه قبل، تمام مراودات مناطق آزاد معاف از قانون مالیات بر ارزش افزوده بود و هنوز هم این مناطق معاف از قانون مالیات‌های مستقیم هستند و از معافیت مالیاتی 20 ساله برخوردارند.معاون سازمان امور مالیاتی گفت: در دولت دوازدهم لایحه‌ای برای تعیین تکلیف مالیات بر عملکرد یعنی مالیات بر درآمد و دارایی فعالان اقتصادی که در مناطق آزاد حضور دارند و در این مناطق فعال هستند و 20 سال معافیت مالیاتی آنها به پایان رسیده، ارایه شد که در حال حاضر بررسی این لایحه در دستور کار کمیسیون اقتصادی مجلس قرار دارد.توتونچی تاکید کرد: در البته در این لایحه هم گفته نشده که این افراد پس از 20 سال معافیت، باید مشمول مالیات می‌شوند بلکه  قرار بر این است که مالیات این افراد به صورت پلکانی افزایش پیدا کند و برای زیر بخش‌های اقتصادی در این مناطق از جمله د واحدهای تولیدی، خدماتی، زیرساختی وگردشگری هم مالیات‌های سنگین در نظر گرفته شده  و همچنین این لایحه هنوز به قانون تبدیل نشده و در مجلس در حال بررسی است.وی  با بیان اینکه در قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب سال 1400 شروطی برای معافیت مالیات ارزش افزوده مناطق آزاد در نظر گرفته‌اند و هر منطقه‌ای سه ویژگی در نظر گرفته شده را داشته باشند معاف از مالیات بر ارزش افزوده خواهند بود، افزود: هر منطقه‌ای تراز مثبت داشته باشد،  خارج از نقطه جمعیتی باشد و همچنین مناطق آزاد اقتصادی که محصور بودن آن به تایید گمرگ جمهوری اسلامی رسیده و  در محدوده فنی کنشی شده‌اند مشمول این مالیات بر ارزش افزوده نخواهد شد.